国家体育总局篮球运动管理中心下设多个部门，具体职责如下：
1. 综合部：作为中心的综合协调部门，负责制定和汇总中心的各项规章制度，承担行政文秘、人事管理、新闻宣传、外事活动、财务管理、政府采购、固定资产管理、礼品制定与管理工作，以及协会和事业单位的相关工作，包括年检、信息档案、安全、信访、党务纪检、工会等事务。
2. 运动队管理部：负责全国篮球俱乐部和省区市篮球运动队的规划、建设、管理、指导，以及篮球运动科研工作。该部门制定建设规划和管理制度，进行运动员和教练员等级评定、教练员岗位培训、注册，实施篮球后备人才培养规划，并管理经纪人相关事务。
3. 竞赛管理部：研究制定篮球竞赛的发展规划、管理制度、规定和规程，负责全国篮球联赛（包括CBA男子职业联赛、WCBA女篮甲级联赛、NBL联赛等）、锦标赛、综合性运动会篮球比赛以及国际赛事的组织工作，同时负责裁判员队伍的建设。
4. 青少年管理部：负责制定和实施篮球青少年后备人才培养规划，管理和规范各级各类青少年篮球训练单位的工作，举办全国性青少年篮球比赛和训练营等活动。此外，该部门还负责组建和管理国家少年队、国家青年三人篮球队，并协助完成各级队伍的出访手续。
5. 社会发展部：管理和指导各级群众性社会篮球、三人篮球比赛（如CBO、肯德基等比赛）、训练营等活动，以及社会公益活动。同时，负责篮球产业开发的资料储备和基础规划，联赛经营、CBA无形资产、国家队的商业开发和管理，其他商业性赛事活动和开发，以及下属公司的管理。
6. 规划与法务部：负责制定中国篮球运动的全面发展规划，拟定职业联赛改革方案，推进协会化建设和实体化工作，促进法律事务、媒体服务和篮球文化建设。此外，该部门还负责协调与各部室、总局有关单位和外单位的关系，组织、承办、监督各项指示和决定的执行，审核和制订部门分管工作的管理规定。